پژوهشکده آب، محیط زیست و توسعه پایدار در سال ۱۳۹۷ با ادغام سه مجموعه پژوهشکده محیط زیست، مرکز مطالعات و توسعه فناوری­های آب (فناب) و همچنین دفتر توسعه پایدار تشکیل گردید. تمرکز این پژوهشکده و بخش­های مختلف آن بر انجام پروژه­های داخل و خارج دانشگاه و همچنین فرهنگ­سازی زیست محیطی و مباحث توسعه پایدار استوار است.

دفتر توسعه پایدار از سال ۱۳۹۰ با محوریت آموزش و ایجاد دانشگاه سبز به ریاست دکتر رضا مکنون تشکیل گردید. در حال حاضر نیز این دفتر با رسالت فرهنگ­سازی، آگاهی­بخشی، کارآفرینی، گسترش و پیاده­سازی اهداف توسعه پایدار در دانشگاه و شهر با تکیه بر نیروهای جوان و متخصص به صورت کاملا داوطلبانه به کار خود ادامه می­دهد. این دفتر در سایه فعالیت­های گوناگون خود، همکاری­های مختلفی نیز با بخش­های بین ­المللی و داخلی فعال در زمینه محیط زیست داشته و مسیر رشد نیروهای متخصص بسیاری را فراهم کرده است. مشاوره در تهیه طرح­ های ارزیابی استراتژیک زیست محیطی، شاخص­های توسعه پایدار و ساختمان سبز از جمله فعالیت­های بخش پروژه این دفتر هست.

مرکز مطالعات و توسعه فناوری­های آب (فناب) نیز در سال ۱۳۹۵ به ریاست دکتر رضا مکنون و با مأموریت آگاهی‌رسانی، آموزش، پژوهش، طراحی و تولید فناوری‌های لازم برای حل مشکلات و رفع نیازهای کشور در بخش آب می‌باشد. شناسایی و اولویت بندی مشکلات و بحران‌های کشور در بخش آب، ارائه خدمات تخصصی و مشورتی به نیازهای آب کشور و طراحی و پیاده‌سازی ساختاری انعطاف‌پذیر جهت سازماندهی نیروهای متخصص برای پاسخ به نیاز‌های کشور از جمله سایر فعالیت­های این مرکز است. عمده تمرکز و مطالعات این بخش نیز در قالب ارائه خدمات تخصصی و مشورتی مرتبط با بخش آب کشور بوده است.